大连海事法院内设立案庭、海事审判庭、海商审判庭、立案庭、审判管理办公室（同时负责申诉案件、再审案件和国家赔偿案件的审理）、执行局、法警支队、技术处、政治部、研究室、办公室等机构，并设有锦州、鲅鱼圈、东港、长海、哈尔滨、大连自贸区法庭等六个派出法庭。2012年大连海事法院与大连海洋大学签约成立教学研究基地，后成立研究生联合培养基地。2021年成功入选辽宁省专业学位研究生联合培养示范基地。基地现有校外研究生兼职导师和实务导师16人。自2015年起，每年定期派遣法律硕士研究生进行为期6个月的实习工作，截至2024年累计派遣研究生达60余人次。基地培养的法律硕士研究生现已获得各类奖励50余项，已发表科研论文80余篇，参加国内、国际学术会议及会议交流150人次，所提交论文多次在学术会议上获奖，主题发言40余次。基地构建目标清晰、课程丰富、层次鲜明、功能齐全的校外实践教学体系，不断优化实验教学内容，改进教学手段和方法，提升实验教学水平，强化海洋法律人才培养的特色和学科优势，积极推进实践教学改革，现已获批各类教改立项102项。多年来，通过模拟法庭进法院、课程实践旁听审判、法官导师进课堂、分批次专业实习等方式对法律硕士研究生的涉海涉渔法治实习实践教育给予了极大地帮助，使法律硕士研究生能够较为深入地了解海事专门法院审理案件的各方面工作事项与要求，充分做到了法律硕士研究理论学习与实践实习相结合，为培养涉海涉渔领域高层次、应用型法治人才奠定了坚实的实践基础。